Fondato dal Granduca Ferdinando I dei Medici, è uno dei più antichi Musei di Storia Naturale del mondo, e conserva ed espone collezioni rare e di grande valore. Molto interessante anche per il grande pubblico è la collezione dei Cetacei, la più grande d'Italia, che permette al visitatore di vedere scheletri completi di alcuni giganti del mare. Il Museo contiene anche curiosità di grande interesse e valore, come le riproduzioni ottocentesche in vetro soffiato di meduse e anemoni di mare. Di recente allestimento sono le sale 'Evoluzione dell'uomo' e 'Mostri, miti e realtà'. Il Museo è situato all'interno della Certosa di Pisa, a Calci, nei locali che erano un tempo destinati alle attività produttive e artigianali (granai, cantine, botteghe dei fabbri, dei falegnami ecc.).