Il Museo Anatomico fa parte di un complesso di musei universitari che hanno sede nello stesso edificio sotto il nome di Museo Universitario di Storia Naturale e della Strumentazione Scientifica. Ne fanno parte, oltre al Museo Anatomico, il Laboratorio di Matematica, la Fabbrica del Corpo Umano, il Museo degli Strumenti Scientifici e di Misura. Il Museo Antomico sorse sotto il regno di Francesco III d'Este; il primo nucleo corrisponde all'attuale piano terra e comprendeva il loggiato, il Teatro Anatomico e alcuni locali contigui al Teatro. Antonio Scarpa, docente di Anatomia nell'Ateneo modenese e famoso scienziato dell'epoca, inaugurò il Teatro Anatomico nel 1775. Al Settecento risalgono alcuni pezzi della collezione odierna: da segnalare sono un preparato di utero gravido e il tavolo sul quale Scarpa faceva le dimostrazioni agli studenti con dissezione dei cadaveri. Al Museo si trova anche una raccolta di crani classificati secondo la teoria di Lombroso, il fondatore dell'antropologia criminale.