La storia del Museo procede parallelamente a quella dell'attuale Facoltà di Medicina Veterinaria, voluta da Ferdinando IV di Borbone e istituita nei locali del cosiddetto 'Serraglio delle Fiere' presso il Ponte della Maddalena nel 1795. Origine della collezione è la raccolta di preparati anatomici per le dimostrazioni pratiche agli allievi. Il vero e proprio Museo fu allestito nel 1861. Oggi il Museo conserva ed espone praparati anatomici quali muscoli, visceri, parti di scheletri e una collezione di esemplari di fauna mediterranea.
Il museo si articola in diversi percorsi, uno dei quali è di carattere sperimentale: i preparati non solo possono essere osservati ma anche toccati dal visitatore consentendo di conoscere l'organizzazione degli scheletri e le specializzazioni degli arti.