Il Museo di Antropologia, istituito nel 1881 e aperto per la prima volta al pubblico nel 1994, è ubicato nel bellissimo Collegio Massimo dei Gesuiti, assieme ai musei di mineralogia, zoologia e paleontologia. Il patrimonio del Museo comprende importanti collezioni archeologiche preistoriche dell'Italia meridionale, dell'Europa, delle Americhe e dell'Africa occidentale e settentrionale. Sono custodite le collezioni osteologiche degli uomini del Vecchio Mondo, tra cui una famosa raccolta craniologica (collezione) Nicolucci, reperti litici di Troia, calchi facciali di tipi somatici africani e arabici (eseguiti da L. Cipriani), mummie boliviane e uno scheletro umano paleolitico proveniente da Grotta Romanelli.