Edoardo Milotti si è laureato in Fisica all'Università di Trieste, successivamente ha studiato presso la SISSA e ha svolto attività di ricerca presso il Max-Planck-Institut für Physik u. Astrophysik di Monaco di Baviera e presso il CERN di Ginevra. Successivamente è stato ricercatore presso l'Università di Trieste e professore associato presso l'Università di Udine. Attualmente è professore associato presso il dipartimento di Fisica dell'Università di Trieste, dove insegna nel corso di studi in Fisica.
Si è occupato di fisica delle particelle, lavorando in esperimenti al CERN (in particolare ALEPH, uno degli esperimenti dell'acceleratore LEP) e successivamente in un esperimento dedicato allo studio dell'idrogeno muonico al Paul-Scherrer-Inst. vicino a Zurigo. Fa parte, fin dal suo inizio, della collaborazione PVLAS che si occupa dello studio della polarizzazione del vuoto quantistico con metodi ottici. In anni recenti si è dedicato anche a studi di meccanica statistica (processi di rumore) e alle simulazioni numeriche in biofisica; in quest'ultimo ambito e' attualmente responsabile del progetto VBL (Virtual Biophysics Lab - finanziato dall'Istituto Nazionale di Fisica Nucleare).