Il microscopio ottico è uno strumento che sfrutta la rifrazione della luce luce visibile per creare un'immagine ingrandita di un oggetto: è infatti costituito da due sistemi di lenti (l'obiettivo e l'oculare) montati alle due estremità di un tubo chiuso. L'obiettivo produce un'immagine reale ingrandita dell'oggetto, che si forma nel punto focale dell'oculare, in modo che questo fornisca all'osservatore un'immagine virtuale ingrandita.
La luce viene concentrata con un condensatore sul campione, che viene solitamente osservato in trasparenza. Il potere d'ingrandimento totale dello strumento è determinato dalla lunghezza focale dei due sistemi di lenti. Il potere risolutivo del microscopio ottico ha comunque un limite invalicabile che è legato sostanzialmente alla lunghezza d’onda della luce impiegata, quindi le dimensioni dell'oggetto più piccolo che si riesce a distinguere non possono essere molto inferiori al micrometro.
L'attrezzatura accessoria del microscopio ottico comprende il piano porta-campioni e alcuni dispositivi di regolazione della distanza dell'obiettivo dall'oggetto, per la messa a fuoco. Per osservare il copepode con le uova è stato usato un ingrandimento 80x, mentre per le piccole larve l'ingrandimento era di circa 200x. 
In genere, i campioni da osservare vengono posti fra due sottili vetrini rettangolari e fissati sul portacampioni, che reca al centro un foro attraverso il quale passa la luce. il copepode e le larve sono stati fotografati senza l'uso del vetrino copri-oggetto per osservare il movimento delle piccole ali laterali e per non rischiare uno schiacciamento della protuberanza dorsale.

Per realizzare le microfotografie, la macchina fotografica viene sistemata al posto dell'osservatore attraverso un apposito tubo che si sostituisce all'oculare e sfrutta l'ottica dell'obiettivo del microscopio.

In questo caso è stato anche utilizzato un particolare tecnica di illuminazione, detta contrasto di interferenza, che aumenta la nitidezza e danno maggior rilievo all'immagine. Il contrasto di interferenza si realizza inviando all'oculare due raggi di luce sdoppiati con un prisma di Wollaston, uno che attaversa l'oggetto nel vetrino, e l'altro che gli passa accanto.  I due raggi contigui arrivano prima al condensatore, quindi attraversano paralleli il vetrino porta-oggetti. L'immagine così sdoppiata passa per l'obiettivo del microscopio, e prima di arrivare ai due oculari un secondo prisma riallinea i due raggi luminosi. I due raggi vengono così "combinati" in figure interferenziali che creano il contrasto.