Così come formulata la domanda potrebbe avere più risposte. In particolare bisognerebbe stabilire se il freddo sperimentato sul mare è legato a una sensazione (freddo percepito) o è un freddo misurato (freddo termometrico). Inoltre bisognerebbe anche  stabilire se il freddo maggiore è sperimentato solo nelle ore più fredde (mattina e sera)  o anche nella parte centrale della giornata. In assenza di queste informazioni provo ad abbozzare la descrizione di alcuni meccanismi atmosferici che potrebbero essere coinvolti nella risposta.

Freddo percepito: se il freddo è "solo" percepito e non corrisponde a una effettiva variazione termometrica la spiegazione potrebbe essere legata a una maggiore ventilazione (anche relativa, cioè dovuta al moto dell'imbarcazione) che aumenta la dissipazione di calore  del corpo verso l'atmosfera esterna. Se la sensazione di freddo è percepita durante le ore più fredde della giornata questo potrebbe avvalorare l'ipotesi della maggior ventilazione. Infatti, essendo il mare, in questo periodo del giorno, mediamente più caldo della terra ferma, questa differenza di temperatura facilita il rimescolamento delle masse d'aria nei bassi strati atmosferici, cioè la ventilazione intrinseca. Se l'imbarcazione è in movimento la ventilazione percepita sarà ancora maggiore.

Freddo termometrico: se il freddo è mostrato anche dai termometri, allora questo potrebbe essere legato alla diversa capacità termica dell'acqua rispetto alla terra ferma. In altre parole l'acqua riesce ad accumulare l'energia del Sole riscaldandosi meno della terra, quindi a parità di radiazione ricevuta il mare risulta più freddo della terra. Questo meccanismo, però, spiega differenze di temperatura solo nella parte più calda della giornata, cioè nei momenti di maggior insolazione. Infatti nei periodi più freddi è il mare che rilascia più calore della terra.