Un clone di cDNA è ibridato, a bassa stringenza, contro un "Southern blot" di campioni di DNA gnomico per un grande numero di specie diverse.

La tecnica utilizza il fatto che il DNA codificante è di solito maggiormente conservato attraverso l'evoluzione rispetto a quello non codificante.

Alcuni geni mammiferi che hanno ruoli fondamentali, ad esempio durante lo sviluppo, sono talmente conservati che possono dare segnali positivi con specie molto distanti come i lieviti, Drosophila e Caenorhabditis elegans. Credo che il limite principale sia il fatto che il DNA dei mammiferi possiedono un percentuale molto basso di DNA codificante (~3% per il genoma umano).

La figura mostra un esempio della tecnica del zoo blot utilizzando il cDNA di NF2 (neurofibromatosis type 2)