Il congelamento è un cambiamento di fase e un metodo fisico di conservazione che non determina alcuna possibilità di formazione di neocomposti: il pane congelato ha la medesima composizione del pane fresco e casomai presenta solo, rispetto al prodotto di partenza, uno stato diverso di strutturazione dell'acqua. Dunque, nessuna preoccupazione nel consumare pane congelato, a meno che qualche molecola "pericolosa" non fosse stata presente nel pane fresco!
Il congelamento dei prodotti da forno è una pratica diffusa, tanto a livello domestico che (per certi versi, anche se regolamentato) nelle filiere industriali. Il pane congelato mantiene le stesse caratteristiche nutritive del prodotto di partenza e, casomai, presenta una qualità sensoriale più bassa all'atto dello scongelamento: esso infatti rafferma più velocemente (e tanto più velocemente se scongelato con un forno a microonde). Ma alcuni nutrizionisti osservano che questo è addirittura un pregio: il consumo di pane raffermo, infatti, determina un innalzamento più regolare del tasso glicemico: il che è meglio in generale e , soprattutto, per chi è predisposto al diabete.