Le mandorle amare, di solito leggermente più piccole e rotondeggianti di quelle dolci, contengono un glucoside, detto amigdalina, nella quantità del 2-4%. Questo, per azione di un enzima presente nella stessa mandorla, si decompone in acido cianidrico, velenoso, aldeide benzoica e glucosio. La reazione può avvenire anche nello stomaco per opera degli enzimi digestivi.

Di conseguenza l'ingestione di solo 5 g di mandorle amare può essere pericolosa e provocare gravi disturbi, specialmente nei bambini. Naturalmente l'olio di mandorle amare, utilizzato come aromatizzante in pasticceria e liquoreria, è sottoposto a lavorazioni che eliminano completamente l'acido cianidrico.