Gli organuli cellulari tipicamente sono: i mitocondri (glicolisi e produzione di ATP), il reticolo endoplasmatico ruvido (sintesi proteica), apparato del Golgi (accumulo proteine neo-sintetizzate), reticolo endoplasmatico liscio (accumulo proteine e calcio). Le dimensioni di questi organuli sono inferiori a un milionesimo di metro. Questo potere risolutivo è possibile raggiungerlo con la microscopia elettronica.

Bisogna dire che la cellula deve essere fissata e colorata (per esempio con ematossilina ed eosina, cresil violetto ecc.). Tuttavia, oggigiorno possiamo utilizzare tecniche quali l'immunocitochimica che prevede l'utilizzo di anticorpi contro componenti specifiche di questi organuli, coniugati con fluorofori che emettono fluorescenza se illuminati alla giusta lunghezza d'onda ed essere così visualizzati con un microscopio istologico a fluorescenza o con i più raffinati microscopi confocale e due fotoni.