Purtroppo non conosciamo la ragione per cui il DNA mitocondriale nelle cellule animali (nelle piante e nei protisti la situazione è diversa) codifica soltanto 13 proteine. Queste ultime sono altamente idrofobiche per cui la loro sintesi nel compartimento cellulare di cui fanno parte eviterebbe il problema del trasporto cellulare di prodotti così idrofobici. In realtà tuttavia la ragione dell'esistenza di un genoma mitocondriale nella cellula eucariotica rimane un problema irrisolto.