Innanzitutto, i fenomeni digestivi, per la loro complessità, sono influenzati da diversi fattori in cui incide la specie animale. La struttura anatomica e lo sviluppo fisiologico dell'apparato digestivo delle varie specie, nonchè la partecipazione attiva della flora batterica alla digestione delle fibre sono fattori importantissimi. nei ruminanti domestici (bovini, caprini, ovini ed erbivori in generale) la digestione è caratterizzata anche da fenomeni di degradazione e metabolizzazione dei carboidrati e delle proteine alimentari da parte di una svariata microflora batterica del rumine (uno dei 4 stomaci di cui sono provvisti i ruminanti). Nelle specie monogastriche erbivore (equini, conigli e suini) tale attività batterica si svolge nel cieco e nel colon.

Vediamo in parrticolare la deghrazdazione delle proteine, che non sono tutte uguali dal punto di vista del valore energetico, e quindi è meglio parlare di aminoacidi essenziali: aminoacidi indispensabili, presenti in una proteina alimentare capace di assicurare un normale accrescimento e lo svolgimento delle altre funzioni fisiologiche. In altre parole, si definisce essenziale un aminoacido che non può essere sintetizzato dall'organismo in quantità tali da assicurane il normale accrescimento; gli aminoacidi che possono essere prodotti in quantità sufficiente non sono indispensabili, e la loro mancanza nella razione alimentare non comporta alcuna alterazione. Per quanto riguarda i ruminanti, si può affermare che essi sono, entro certi limiti, liberi dal ricevere nella razione alimentare, gli aminoacidi indispensabili in quanto la microflora batterica ruminale, decomponendo la maggior parte delle proteine presenti nell'alimento vegetale, provvede alla sintesi di aminoacidi e delle proteine batteriche (delle vere e proprie proteine di origine animale), utilizzando non solo gli aminoacidi contenuti nei foraggi, ma anche composti amidici, urea ed azoto ammoniacale (derivati dal metabolismo ruminale).

Quindi, riassumendo, non è importante il tipo di proteina, ma il loro valore biologico (contenuto in aminoacidi essenziali). Ciò vale per gli erbivori e per gli onnivori (uomo compreso). Per questi ultimi, però, la mancanza di una microflora attiva, non permette di sfruttare a pieno il valore biologico delle proteine vegetali, che resta così inutilizzato.