Una definizione condivisa di cosa sia in Italia una scuola d'eccellenza praticamente non esiste. Secondo la consuetudine di questa famiglia fanno parte la Scuola Normale Superiore e la Scuola Superiore Sant'Anna di Pisa, e la Scuola internazionale Superiore di Studi Avanzati di Trieste.

Questi istituti negli anni si sono caratterizzati per un'offerta formativa di alta qualità articolata per i primi due casi in corsi di livello universitario (laurea) e post-universitario (master e dottorati di ricerca) e solo post-universitario nel caso della scuola triestina. Tutti gli istituti godono di ampia autonomia amministrativa.

La Scuola Normale Superiore di Pisa nacque il 18 Ottobre 1810, con decreto imperiale di Napoleone, come succursale dell'Ecole Normale Superiore di Parigi, un modello che ha fatto la storia dell'educazione europea. Nel corso degli anni è passata attraverso il controllo del granducato di Toscana (1846) e nel 1862 del Regno d'Italia. A quasi due secoli di distanza dalla sua nascita, il modello di formazione e di ricerca della Normale si struttura negli ambiti tradizionali di Lettere e Filosofia, e Scienze matematiche, fisiche e naturali. Due i percorsi in cui si articola l'offerta per gli studenti: il corso ordinario, corrispondente al corso di laurea universitario, e il corso di perfezionamento, equivalente al dottorato di ricerca.

La Scuola Superiore Sant'Anna, nata nel 1931 come collegio di eccellenza per studenti particolarmente meritevoli iscritti all'Università di Pisa, è un istituto universitario pubblico, che opera nel campo delle scienze applicate: Scienze Economiche, Scienze Giuridiche e Scienze Politiche per la Classe di Scienze Sociali e Scienze Agrarie, Scienze Mediche, Ingegneria Industriale e dell'Informazione per la Classe di Scienze Sperimentali. La Scuola ha negli anni accresciuto la propria offerta formativa con l'istituzione dei corsi di perfezionamento, dei Master e della formazione continua.

Creata nel 1978 come istituto scientifico autonomo, la Scuola Internazionale Superiori di Studi Avanzati di Trieste (conosciuta anche come SISSA) rappresenta un modello concreto per la promozione della cultura e della ricerca scientifica nel nostro Paese. Fin dai suoi esordi, la SISSA ha sviluppato nei settori delle discipline fisiche e matematiche e delle neuroscienze programmi di grande elasticità. Ciò ha portato a una vivacità scientifica senza pari che si esprime in due obiettivi strategici fortemente complementari: la ricerca avanzata e l'alta formazione. L'attività scientifica, basata sul contributo di uno staff di scienziati di fama internazionale, si è concentrata tradizionalmente su fisica e matematica, e negli ultimi anni si è spinta verso temi d'avanguardia, come le scienze cognitive e la genomica funzionale. La SISSA è stato il primo istituto italiano a rilasciare il titolo di Dottorato di ricerca nel 1980.

Negli ultimi anni il panorama delle cosiddette scuole d'eccellenza si è arricchito di nuove presenze. Fra queste l'Istituto Superiore Universitario di Formazione Interdisciplinare dell'Università di Lecce, l'Istituto Universitario di Studi Superiori di Pavia, la Scuola Superiore di Catania e la Scuola Galileiana di Studi Superiori di Padova.