È passato alla leggenda l'incontro alla British Association for the Advancement of Science di Oxford nel 1860 tra il Huxley e il vescovo Samuel Wilberforce. Quest'ultimo, famoso per la finezza delle sue battute, aveva ridicolizzato Darwin e l'implicazione che gli esseri umani discendono dalle scimmie. Ma Huxley, da buon “mastino” del padre dell'evoluzione, rispose che preferiva discendere dalle scimmie piuttosto che da un uomo che usava la sua posizione per difendere una teoria che non aveva capito.
Huxley fece parte anche di un gruppo di uomini di cultura chiamato “X club” che ebbe un'influenza notevole nello sviluppo delle idee scientifiche dell'epoca e ricoprì il ruolo di esperto in varie commissioni governative. Fu anche grazie a lui e ai suoi amici che sorse la rivista Nature che già dalle sue origini difese le idee darwiniane.
Eppure, Huxley non condivideva la teoria della selezione naturale, una delle idee portanti dell'edificio darwiniano. Egli era principalmente interessato a promuovere l'idea di evoluzione perché questa minava alla base l'idea di una società statica e immutabile in cui gli individui di una classe sociale dovevano restare per volere divino nella loro posizione. Inoltre, vedeva con favore il fatto che la scienza spiegasse il mondo naturale sottraendo potere alla religione. La figura di Huxley costituisce insomma un bell'esempio del ruolo importantissimo della comunicazione scientifica per l'affermazione e il destino delle teorie scientifiche. Due ultime curiosità. Primo, fu lui a coniare il termine agnosticismo per denotare l'atteggiamento di chi non sa se Dio esista o meno e mantiene il dubbio; infatti, per quanto ostile alla religione, credeva che la scienza non potesse dire niente su chi fosse l'artefice delle leggi del mondo. Secondo, era il nonno di Aldous Huxley, autore di Brave new world opera di narrativa che già nel 1932 anticipava i rischi di un mondo dominato dalla tecnologia.