La domanda non è posta in modo del tutto corretto. Infatti non esistono vettori di clonaggio ideali, il vettore viene scelto in base alle esigenze. Il clonaggio del DNA comporta l'inserimento di un frammento di DNA, che contiene un gene di interesse, in un vettore di clonaggio, generalmente un virus o un plasmide. Il clonaggio di DNA è possibile perché sia i virus che i plasmidi batterici continuano a replicarsi indipendentemente delle sequenze che sono state inserite. Il vantaggio principale è che questi vettori si replicano nei batteri e possono essere isolati in grandi quantità.

Una caratteristica critica di qualunque vettore di clonaggio è che deve possedere una regione nella quale si può inserire il DNA estraneo senza alterare nessuna funzione importante. Nel caso dei plasmidi batterici, molti di loro portano dei geni che conferiscono resistenza agli antibiotici facilitando gli esperimenti di clonaggio.