1) Stato del DNA: condensazione della cromatina, metilazione

2) Trascrizione: fattori di trascrizione, struttura dei promotori

3) Processamento dell'RNA: splicing alternativo

4) Traduzione: stabilità del mRNA, velocità della sintesi

5) Post-traduzione: stabilità delle proteine, modificazione delle proteine (esempio: aggiunta di zuccheri), trasporto.

Processamento dell'RNA

Negli organismi eucarioti, le sequenze dei geni codificanti per le proteine non sono solitamente continue, ma sono interrotte da sequenze non codificanti o introni, le cui funzioni non sono ancora state individuate, mentre le sequenze codificanti, che si traducono cioè in proteine, sono dette esoni. Ogni gene strutturale viene trascritto e produce un trascritto di RNA. Tali trascritti sono rielaborati all'interno del nucleo per la creazione di molecole di mRNA attive; durante tali modificazioni gli introni vengono soppressi e si avvia la procedura di splicing, ovvero di saldatura, che interessa gli esoni, che vengono in tal modo a formare un'unica molecola continua.

Le eventuali differenze nella rielaborazione di identici trascritti di RNA possono dare origine a polipeptidi con funzionalità diverse pur a partire da uno stessa sequenza nucleotidica.