Attualmente il sapere biologico è per lo più contenuto in vari e ampi database, come ad esempio quelli con i dati del genoma umano o con dati di pubblicazioni scientifiche. Inoltre, esistono database specifici detti ontologie, che contengono regole logiche e definizioni di un certo campo, come ad esempio la genomica.
Infine ci sono database specializzati che racchiudono dati su alcuni organismi o su determinati settori come per esempio l'immunologia.

La bioinformatica usa i mezzi informatici per accedere a questi dati. Alcune applicazioni dell'informatica, per esempio il recupero di dati, vengono sfruttate anche in altri settori scientifici. Altre invece, per esempio la ricerca di somiglianze, sono state sviluppate specificamente per la bioinformatica e costituiscono la base di alcuni campi come la ricerca evolutiva. Molti strumenti della bioinformatica sono ormai liberamente accessibili via internet.
Oggi gli strumenti della bioinformatica sono praticamente usati in tutti i settori della ricerca biomedica. Tra i compiti tipici abbiamo l'analisi delle malattie genetiche, lo sviluppo dei farmaci, l'individuazione di unità strutturali simili nelle proteine e nel DNA, le previsioni sulla funzione di geni sconosciuti ecc.