Più due loci sono distanti su un cromosoma, maggiore sarà la probabilità che essi vengano separati da un evento di ricombinazione o crossover durante la meiosi. Per questo motivo la frazione di ricombinazione tra due loci, che si può misurare mediante diversi test genetici, è una misura della distanza tra di essi.
In particolare la frazione di ricombinazione definisce la distanza genetica, che però non è la stessa cosa della distanza fisica. L'unità di distanza genetica è il centimorgan (cM), definita come la distanza che separa due loci che hanno frequenza di ricombinazione dell'1%.

A seguito dell'elaborazione di mappe fisiche dei cromosomi umani, si è stabilita una grossolana corrispondenza distanza genetica/distanza fisica: 1cM =1 Mb (1 megabase, 1 milione di nucleotidi), che ci permette quindi di calcolare approssimativamente la percentuale di crossing over conoscendo la distanza fisica (in numero di basi) tra due loci.

Tale approssimazione è utile ai fini pratici, ma la sua corrispondenza alla realtà è piuttosto variabile. Infatti, gli eventi di crossover sono più frequenti nella meiosi femminile. Di conseguenza, in media 1cM maschile corrisponde ad 1.05 Mb, mentre in un cromosoma femminile 1cM corrisponde solo a 0.88 Mb. In aggiunta, la probabilità di crossover varia anche lungo un cromosoma, aumentando verso i telomeri nei cromosomi maschili, mentre invece la regione centromerica può andare incontro a ricombinazione nella meiosi femminile ma non in quella maschile.

Tenendo conto di quanto detto, se si vuole calcolare la percentuale di ricombinazione tra due loci, esiste una relazione matematica che lega la frazione di ricombinazione e la distanza genetica.
In una diade (2 cromosomi omologhi ciascuno costituito da 2 cromatidi fratelli) un singolo evento di ricombinazione produce 2 cromatidi ricombinanti e 2 non ricombinanti, quindi una frazione di ricombinazione massima del 50%. Quando due loci sono abbastanza distanti, fra di essi possono aver luogo crossover multipli (2, 3 o di più), ma l'effetto finale è comunque il 50% di ricombinanti.

La frazione di ricombinazione, per questo motivo, non è mai superiore a 0.5 (50%) e le frazioni di ricombinazione non sono semplicemente additive. In altre parole, se due geni sono distanti 60 cM, la loro frazione di ricombinazione non sarà del 60%. La relazione matematica che lega distanza genetica e frazione di ricombinazione è più complessa e, nella sua forma più semplice è detta funzione di Haldane:

ω = - 1/2 ln (1 - 2 Θ)

Θ = 1/2 [1 - exp (-2 ω)]

dove ω è la distanza e Θ la frazione di ricombinazione.
Questa relazione è valida se si ammette che non ci sia interferenza tra un crossing over e quelli vicini, tuttavia in realtà la presenza di un chiasma inibisce la formazione di ulteriori crossover nelle immediate vicinanze. Esiste una varietà di funzioni che tengono conto dei vari gradi di interferenza, in ogni caso la funzione di Haldane offre un buon grado di approssimazione.