I teatri anatomici nascono come strutture temporanee; venivano allestiti già dalla seconda metà del Quattrocento. Il "teatro" consisteva in una semplice impalcatura che veniva realizzata appositamente in occasione di quello che oggi definiremmo "corso pratico", per essere subito dopo smantellata. Ogni anno veniva smontato e riposto in magazzino, e poi, a tempo debito, lo si rimontava in una delle aule degli atenei universitari. L'abitudine di montare ogni anno un teatro provvisorio per le lezioni di anatomia era una pratica consueta.

A fine Quattrocento, ed ancor più nel Cinquecento, il secolo dell'esplosione della scienza, ove il corpo rappresenta un microcosmo da esplorare, si rese necessaria l'aggiunta di gradinate per l'esubero di spettatori attorno al tavolo settorio. Già dalla seconda metà del Cinquecento vennero eretti i primi teatri stabili. Le dissezioni anatomiche non furono mai espressamente vietate, anche se le autorità religiose, a seconda delle epoche e dei luoghi, interpretarono più o meno rigidamente le disposizioni emanate da Bonifacio VIII nel 1300; la Bolla papale De sepulturis, però, faceva riferimento alla "condannabile ferocia" di quelle pratiche funerarie che comportavano la manomissione del cadavere e non agli interventi postmortali tendenti ad accertare le cause di morte o a consentire una maggiore conoscenza del corpo umano.

Attualmente la pratica autoptica è praticata in ogni ateneo universitario a scopo didattico, utilizzando la casistica giudiziaria o dei riscontri diagnostici. È infatti previsto nell'ordinamento didattico l'aver assistito a un numero minimo di autopsie per poter sostenere l'esame di anatomia patologica.