I termini “protisti” e “monere” vennero introdotti da Ernst Haeckel nel 1866, ma la loro utilizzazione è stata piuttosto controversa nella sistematica, che preferisce suddividere tutti gli organismi viventi in “procarioti” ed “eucarioti”.
I protisti sono organismi microscopici formati da una sola cellula di tipo eucariotico, vivono in genere nell'acqua e comprendono alghe e protozoi. Le monere sono microrganismi unicellulari procarioti molto più semplici, e comprendono tutti i batteri. L'attuale classificazione procarioti-eucarioti tende a ricondurre la diversità ai semplici aspetti di presenza-assenza della struttura nucleare. L'organizzazione cellulare dei batteri è particolarmente semplice e sono per questo detti anche procarioti; l'organizzazione cellulare dei protisti è invece più complessa e sono quindi chiamati eucarioti. I procarioti hanno il materiale nucleare (il DNA) libero nel citoplasma, negli eucarioti invece il nucleo è avvolto da una membrana che lo separa dal citoplasma.

Nel XVII secolo, quando venne inventato il microscopio e iniziò la grande avventura della microscopia, si pensava che tutti gli esseri viventi fossero o piante o animali. Quando il grande microscopista olandese Anthoni van Leeuwenhoek, un vero e proprio outsider della scienza che scriveva solo in olandese e non conosceva il latino, scoprì quasi per caso tra il 1673 e il 1677 con le sue rudimentali, ma efficacissime, lenti a perline i batteri, i protozoi e gli spermatozoi, produsse nel mondo dei teologi, dei filosofi e degli scienziati un tremendo shock. Tutti pensarono infatti che questi abitanti del mondo dell'infinitamente piccolo non fossero altro che animalculi, cioè piccoli animali dotati della stessa organizzazione vitale dei metazoi, visto che non si sapeva nulla delle cellule (che pure erano state osservate e denominate così nel 1665 dall'inglese Robert Hooke), e perfino gli spermatozoi erano considerati vermiculi, vermi parassiti dello sperma. Se era così, a cosa serviva allora questa sterminata proliferazione della vita? Perché Dio aveva creato tutti questi esseri viventi, che sembravano popolare ogni genere di liquidi, l'aria e la materia stessa? Come si riproducevano, per generazione spontanea o per via parentale? L'uomo moderno veniva improvvisamente posto di fronte all'esistenza di mondi viventi sconosciuti ed inafferrabili dai sensi, all'idea di una sterminata diffusione della vita e di un'inesauribile capacità creativa della natura. Il caso e il microscopio imponevano ormai una generale revisione dell'immagine della realtà e della stessa collocazione dell'uomo nella natura, che forse non è stata ancora compiuta.