Metodi di analisi del DNA
Sono numerose le tecniche di analisi che possono essere impiegate per effettuare questi confronti del DNA: RFLP, RAPD, microsatelliti e AFLP per citare le più usate. Tutte sono in grado di produrre un profilo elettroforetico costituito da frammenti di DNA specifici del campione analizzato.

RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
È sicuramente il metodo che ha avuto maggiore utilizzo. Si basa sulla tecnica PCR (Polymerase Chain Reaction) e quindi sull'amplificazione di frammenti del DNA in analisi. Differisce dalla PCR essenzialmente per il fatto che l'amplificazione del DNA non è più mirata a sequenze predeterminate, bensì casuale. Vengono infatti impiegati, a differenza della PCR, dei primer di sole 10 basi azotate che portano, solitamente, all'amplificazione di un numero di frammenti del DNA variabile da 5 a 10. I RAPD sono stati ampiamente applicati per il fingerprinting dei bovini e ciò è dovuto al fatto che gli stessi presentano numerosi vantaggi rispetto alle altre metodologie: elevato potere discriminante, rapidità operativa, basse quantità di DNA necessarie per l'analisi, possibilità di automazione e costi relativamente bassi. Per contro alcuni Autori lamentano la bassa riproducibilità di questa tecnica, legata al tipo di estrazione del DNA, alla concentrazione dei reagenti, alla qualità del materiale di partenza. Altro svantaggio dei RAPD: sono marcatori dominanti e quindi in grado di fornire un più basso livello di informazione.

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
Sono marcatori molecolari di nuovissima concezione basati sull'amplificazione selettiva di frammenti di restrizione del DNA genomico tramite PCR, che consentono di studiare la diversità genetica delle specie sotto il profilo dell'evoluzione del genoma, della filogenesi, della distribuzione geografica della variabilità e di poter giungere all'identificazione degli alleli portatori di caratteri utili o all'associazione marcatore-carattere.

Microsatelliti (SSR, Simple Sequence Repeat)
Con questo termine vengono indicate le regioni di DNA caratterizzate da una ripetizione in tandem di una stessa sequenza di 2-6 basi azotate, ad esempio (AG)n. La ripetizione AT è la più frequente nelle piante, mentre nei mammiferi è più frequente la ripetizione (AC)n. Sono diffusissimi e interspersi nel genoma, inoltre presentano un elevato livello di variabilità all'interno di ciascuna specie, il che li rende un ottimo strumento per il fingerprinting. I vantaggi dei microsatelliti risiedono nella loro elevata riproducibilità e nel loro elevato grado di polimorfismo.