Quando gli esperimenti scientifici misero in luce che l'atomo non era una particella fondamentale (dove per fondamentale si intende non divisibile) bensì costituito da altre particelle di cui alcune cariche elettricamente, gli sforzi teorici furono indirizzati a comprendere come potessero coesistere degli oggetti neutri (gli atomi) formati da particelle cariche negativamente (gli elettroni) e da un nucleo carico positivamente. Classicamente infatti un sistema di questo tipo avrebbe dovuto essere instabile (il che vuol dire che non avremmo potuto avere gli atomi e la materia da essi composta).

Gli studi teorici portarono così alla formulazione della Meccanica Quantistica che introdusse il concetto di dualità onda-particella. Le particelle fondamentali vengono così a possedere delle caratteristiche tipiche delle onde (presentando ad esempio dei fenomeni d'interferenza) facendo cadere alcuni concetti classici, primo fra tutti quello sulla determinazione della loro posizione. Il moto della particella è descritto da una funzione d'onda distribuita su tutto lo spazio il cui "modulo quadro", valutato in una certa regione dello spazio, dà la probabilità di trovare la particella in un determinato punto. Quindi la "posizione", intesa classicamente, non esiste più; si può solo dare la probabilità di trovare una data particella.

Pertanto dire che l'atomo è immerso in un mare di onde è sbagliato. Ogni particella ha la sua funzione d'onda e l'atomo sarà descritto da una complicata funzione d'onda che tiene conto delle particelle che lo compongono (elettroni, protoni e neutroni, ovvero quarks). Ovviamente in alcuni casi, per sistemi molto complessi, si effettuano delle approssimazioni che portano all'utilizzo di concetti classici. Ritornando alle onde che "pervadono l'universo", le radiazioni o i raggi cosmici non sono altro che il propagarsi di un'altra particella, il fotone, che è la particella portatrice dell'interazione elettromagnetica (classicamente, dopo aver discusso a lungo sulla natura corpuscolare o ondulatoria della luce, in seguito alla scoperta dei fenomeni d'interferenza, si era considerata corretta quest'ultima).

In conclusione, le particelle esistono e sono state viste sperimentalmente. Anzi, per poter colmare alcuni tasselli mancanti nella descrizione del mondo subatomico, si spera di vederne di nuove grazie ai futuri acceleratori. Per quanto riguarda i fenomeni di interferenza che rivelano la natura ondulatoria delle particelle ci sono alcuni libri di divulgazione scientifica che li trattano in maniera esauriente. Uno di questi è Un'occhiata alle carte di Dio di Giancarlo Ghirardi, edito da Sonzogno.