L'agricoltura è il legame trofico tra l'uomo e l'ambiente in cui vive. Si configura come un complesso sistema di attività umane che interferiscono con l'ambiente, generando una complicata rete di interazioni socio-economiche e bio-fisiche che gerarchicamente si estendono dalla dimensione locale a quella planetaria. Il patrimonio di risorse naturali (suolo, aria, acqua, organismi) è principalmente affidato alla gestione agricola attraverso l'uso del territorio.

In sintesi il sistema agricoltura tocca una serie di interessi e svolge una serie di compiti che riguardano non solo la produttività di colture e allevamenti animali, ma anche aspetti di vita sociale ed economica, gli indirizzi della politica, della ricerca, il ruolo dell'industria e la tutela dell'ambiente e della salute umana. Tutti questi aspetti sono interconnessi e la performance del sistema agricoltura può essere giudicata solo in base agli effetti prodotti a livello di tutti i suoi componenti e delle loro relazioni.

Nelle aree dei paesi più industrializzati, il bilancio energetico complessivo del settore agricolo risulta essere negativo, dovuto principalmente all'eccessiva semplificazione strutturale del territorio, al continuo incremento nell'impiego di prodotti chimici di sintesi, all'eccessivo sfruttamento delle risorse non rinnovabili, con il conseguente incremento di processi irreversibili di riduzione della fertilità naturale del suolo, di inquinamento dell'aria e delle acque superficiali e di falda, di eutrofizzazione delle acque, di rottura degli equilibri biologici, di avvelenamento della catena alimentare, di pericolo per la salute degli operatori agricoli e dell'intera società ecc.

Le influenze negative del sistema agricoltura sull'ambiente, in breve e per grandi gruppi, concernono principalmente:

a) impatto sugli ambienti naturali
- modificazioni critiche delle risorse verso la desertificazione, della qualità e deflusso delle acque, della qualità dell'aria, del ciclo dei nutrienti ecc.
- riduzione nel numero, nella diversità e nella produttività delle specie animali e vegetali;
- perdita dei servizi naturali come la capacità di assorbimento dei rifiuti, del controllo dell'erosione, dell'equilibrio delle acque superficiali e di falda;
- diminuzione dei servizi e benefici sociali ricreazionali, estetici, educazionali ecc.
- altri impatti negativi secondari risultanti dall'incremento di accesso alle aree naturali attraverso le deforestazioni illegali, il disturbo alla fauna selvatica ecc.

b) impatti dovuti alle operazioni aziendali
- modificazione del tipo di vegetazione con la conseguente riduzione della qualità del suolo a medio e lungo termine;
- incremento dell'erosione del suolo determinato dall'azione del vento e delle precipitazioni;
- diffusione di fertilizzanti e pesticidi di sintesi con conseguente contaminazione delle acque superficiali e profonde e dell'aria;
- presenza negli alimenti di residui tossici di prodotti utilizzati per il controllo degli organismi dannosi alle colture.

Per valutare il livello di sostenibilità degli agroecosistemi, a ogni ambito di scala, l'OECD (Organisation for Economic Co-Operation and Development) riporta una serie di indicatori agroambientali che prendono in considerazione le problematiche di impatto ambientale legate al sistema agricoltura (OECD, 2001. Environmental Indicators for Agriculture: Methods and Results. Volume 3).

Dalla consapevolezza del ruolo centrale e globale esercitato dall'agricoltura nella società e dall'evidenza delle conseguenze negative generate dall'agricoltura gestita in regime convenzionale, è emersa l'esigenza di indirizzare l'intero sistema agricoltura verso nuove forme di sviluppo e di attuazione che consentano l'inversione di tendenza verso il verificarsi di impatti positivi nei vari settori del sistema. Questo nuovo orientamento, corroborato da basi scientifiche agroecologiche che ne riconoscono la fattibilità, viene denominato agricoltura sostenibile o ecocompatibile. Secondo la definizione della American Society of Agronomy, l'agricoltura ecocompatibile è quella che:

(a) migliora la qualità dell'ambiente e le risorse naturali dalle quali dipende;
(b) fornisce cibo e fibre per i bisogni umani;
(c) è economicamente valida;
(d) migliora la qualità della vita per gli agricoltori e l'intera società.

Agroecologia, agroecosistema e agricoltura sostenibile sono la chiave di un indissolubile processo logico per indirizzare lo sviluppo concreto dell'agricoltura secondo il funzionamento di base molto vicino a quello naturale.