Il seme è tipico delle piante a seme (erbe, alberi) e deriva dalla trasformazione dell'ovulo fecondato. Di solito è contenuto nel frutto. Quindi per avere un seme è necessaria una fecondazione, per la spora no.

Le spore sono cellule, sono microscopiche e sono caratteristiche di organismi quali i funghi, i muschi , le felci e le alghe. La polvere bruna sotto le foglie delle felci o sotto il cappello dei funghi è costituita da migliaia se non milioni di spore. Queste si sollevano come pulviscolo e quando trovano un luogo adatto si sviluppano in un nuovo individuo che all'inizio è invisibile a occhio nudo.

Esistono molti tipi di spore anche con caratteristiche diverse, per esempio alcune possono durare nel tempo e sono dette spore di conservazione o favorire la diffusione e la colonizzazione, e sono dette spore di disseminazione.

Il seme invece è un organo, nel senso botanico del termine; cioè una struttura che deriva dall'ovulo fecondato ed è costituito da una grande massa di cellule, di cui molte racchiudono riserve alimentari destinate alla crescita della piantina appena germinata.

I semi sono visibili (pensate ai semi presenti nella frutta) e sono caratteristici delle piante superiori. Possono essere protetti da organi accessori (come le squame delle pigne delle conifere) oppure essere racchiusi nei frutti (come accade nelle piante a fiore). Possono avere forme e dimensioni molto diverse e presentare strutture che ne facilitano la dispersione (per esempio il pennacchio piumoso dei soffioni o l'ala dei semi dell'acero).