La maggior parte delle città di fondazione romana ha avuto una continuità di vita fino ai nostri giorni, ossia più o meno nella stessa area si è continuato a vivere dall'età romana in poi.
Gli edifici della città romana sono stati o abbandonati o riutilizzati; molti di essi hanno, comunque, subito crolli o demolizioni intenzionali che hanno portato a un primo accumulo di detriti; in genere questi detriti, come i resti delle strutture ancora parzialmente conservate, non sono stati rimossi, ma sono stati lasciati sul sito e sono stati sfruttati per la costruzione dei nuovi edifici che quindi si collocano a una quota superiore rispetto alla città romana.
Altri processi di accumulo sono dovuti, invece, a episodi alluvionali o a riporti di terreno intenzionali al fine di sopraelevare i piani d'uso.
Naturalmente nel corso dei secoli una zona della città può essere stata abbandonata o utilizzata come area agricola (azioni che comportano comunque il deposito di terreno e la formazione di strati archeologici) e poi essere stata riorganizzata dal punto di vista urbanistico con caratteristiche costruttive e funzionali differenti.
Il caso forse più significativo in questo senso è rappresentato da Roma; in moltissime zone della città è possibile osservare la sovrapposizione degli edifici medievali a quelli romani che in genere non sono stati abbattuti ma solamente modificati e riutilizzati. Si pensi, solo a titolo di esempio, che sul lastricato del foro di Nerva sono state costruite alcune case nell'alto medioevo; successivamente, e precisamente nell'età rinascimentale, nell'area è stato edificato un grande quartiere abitativo le cui cantine sfruttavano come pavimentazione ancora quella dei fori romani.

Spaccato delle trasformazioni di via delle Botteghe Oscure a Roma dall'età romana ai nostri giorni.
L'immagine è tratta dal catalogo del Museo Nazionale Romano Crypta Balbi, edito dall'Electa nel 2000, p. 19.

Dunque questo fenomeno della stratificazione della città è dovuto al fatto che in un gran numero delle città romane si è continuato a vivere anche in seguito e che, generalmente, per questioni economiche e di tempo, è sempre risultato più utile sfruttare le strutture che già esistevano che non raderle al suolo e trasportare in altro luogo le macerie così prodotte.
Per comprendere i processi di formazione delle stratificazioni all'interno di una città consiglio una visita al Museo Nazionale Romano "Crypta Balbi" a Roma che racconta appunto la storia di una zona di Roma dall'età romana ai nostri giorni. Inoltre, è possibile consultare i siti:
http://www.comune.roma.it/cultura/italiano/musei_spazi_espositivi
http://www.archeologia.beniculturali.it/pages/atlante/S105.html